Hosseini sinh ngày 4 tháng 3 năm 1965 ở Kabul, Afghanistan, là con cả trong năm người con. Cả cha lẫn mẹ ông đều xuất thân từ Herat: cha ông - Nasser - là nhà ngoại giao ở Bộ Ngoại vụ Afghanistan (MPA) ở Kabul, còn mẹ ông là một giáo viên dạy tiếng Ba Tư ở một trường cấp ba cho nữ giới.[4]

Năm 1970, gia đình ông chuyển đến Iran, ở đó cha ông làm việc cho Đại sứ quán Afghanistan ở Tehran. Năm 1973, gia đình ông trở lại Kabul và em trai nhỏ nhất của ông ra đời tháng 7 năm đó. Năm 1976, lúc Hosseini lên 11 tuổi, cha ông đã tìm được một công việc ổn định ở Paris, Pháp và chuyển cả gia đình đến đó.[5] Họ không thể trở lại Afghanistan vì cuộc Cách mạng Saur diễn ra vào tháng 4 năm 1978, theo đó Đảng Dân chủ Nhân dân Afghanistan (PDGA) lên nắm quyền. Năm 1980, không lâu sau chiến tranh Xô Viết tại Afghanistan, gia đình Hosseini tìm đến sự bảo hộ của chính phủ Mỹ và rồi định cư ở San Jose, California. Lúc đó, Hosseini mới 15 tuổi, không nói chút tiếng Anh nào cho đến khi đặt chân lên đất Mĩ, và sau này ông mô tả cảm xúc khi đó là "một cú sốc văn hoá" và "rất lạ lẫm".[5]

Ông tốt nghiệp trường Trung học Independence ở San Jose vào năm 1984 và theo học Đại học Santa Clara và giành được bằng cử nhân sinh học năm 1988. Năm tiếp theo ông đăng ký học trường Đại học California, San Diego, khoa Dược và có được bằng tiến sĩ năm 1993. Hosseini hoàn tất quá trình thực tập nội trú ở Nội khoa tại Trung tâm Dược liệu Cedars-Sinai ở Los Angeles năm 1996 và làm dược hơn 10 năm (cho đến một năm rưỡi sau khi phát hành tiểu thuyết Người đua diều).

Ông còn là phái viên của Cao ủy Liên Hợp Quốc về người tị nạn (UNHCR) [6] và tham gia hoạt động hỗ trợ nhân đạo tại Afghanistan thông qua Quỹ Khaled Hosseini. Hiện tại, ông đang sống ở Bắc California với vợ ông, bà Roya, và hai người con, Haris và Farah.